Κόντρα για τη στάση της ΓΣΕΕ στο δημοψήφισμα αλλά και για την ίδια την υπόσταση των συνδικάτων έχει ξεσπάσει μεταξύ του γγ συντονισμού του κυβερνητικού έργου Χριστόφορου Βερναρδάκη και του προέδρου της ΓΣΕΕ Γιάννη Παναγόπουλου. Η ανταλλαγή «πυρών» έγινε μέσω facebook με το κ. Βερναρδάκη να κάνει λόγο για ανάγκη επανίδρυσης των συνδικάτων και τον κ. Παναγόπουλο να τον κατηγορεί για αποπροσανατολισμό.
Ο Χριστόφορος Βερναρδάκης στην τοποθέτησή του αναφέρει ότι θα πρέπει «επειγόντως να ξεκινήσει μια διαδικασία επανίδρυσης των συνδικάτων και της ΓΣΕΕ». Υποστηρίζει ακόμη ότι η «απροκάλυπτη ένταξη στο στρατόπεδο του ναι, δηλαδή η ωμότατη αποδοχή της λιτότητας και της εκμετάλλευσης της εργασίας, δεν έχει προηγούμενο σε παγκόσμιο επίπεδο».
«Το γεγονός ότι η ΓΣΕΕ και ο Παναγόπουλος ως Πρόεδρος αποδέχονται την ‘απαγόρευση αλλαγής του θεσμικού πλαισίου των συλλογικών διαπραγματεύσεων και του κατώτατου μισθού’ δυστυχώς δεν μπορεί να ερμηνευθεί διαφορετικά παρά μόνο με την εξαγορά» προσθέτει μεταξύ άλλων ο γγ συντονισμού κυβερνητικού έργου τονίζοντας ότι η ΓΣΕΕ και η ηγεσία της αποδοκιμάστηκε όσο πιο βίαια γίνεται από την ψήφο των μισθωτών της χώρας.
Λίγο αργότερα ο Χριστόφορος Βερναρδάκης ανάρτησε στο Facebook την απάντηση του προέδρου της ΓΣΕΕ, Γιάννη Παναγόπουλου ο οποίος τον κατηγορεί για «συκοφαντία» και «διχαστικό και επικίνδυνο λόγο» που βρίσκεται «σε πλήρη αναντιστοιχία με την προτροπή του πρωθυπουργού για ενίσχυση της λαϊκής ενότητας.
Επίσης υπεραμύνεται του έργου της ΓΣΕΕ στα Μνημονιακά χρόνια και υποστηρίζει ότι η ΓΣΕΕ δεν εντάχθηκε σε κανένα στρατόπεδο αλλά έθεσε τρία θέματα εκ τον οποίων το ένα αφορούσε «την αταλάντευτη στάση του συνδικαλιστικού κινήματος (με αποφάσεις εργατικών συνεδρίων του και όχι Διοικήσεων ή του Προέδρου του) υπέρ του Ευρωπαϊκού Προσανατολισμού και του κοινού νομίσματος».
